本作主人公岡部倫太郎（宮野真守 配音）是個(gè)患有嚴(yán)重中二病的大學(xué)生，自稱為“鳳凰院兇真”的他和伙伴們組成了“未來(lái)發(fā)明研究所”，在位于秋葉原的一個(gè)簡(jiǎn)陋實(shí)驗(yàn)室內(nèi)進(jìn)行各種古怪發(fā)明和調(diào)查。2010 年 7 月 28 日這天，岡部和青梅竹馬真由理（花澤香菜 配音）一同去了科學(xué)講義會(huì)場(chǎng)，在那里，他們遇見(jiàn)了天才少女牧瀨紅莉棲（今井麻美 配音）。

讓人意想不到的事情發(fā)生了，岡部在會(huì)館樓道內(nèi)聽(tīng)到一聲慘叫，他聞聲而至，發(fā)現(xiàn)了倒在血泊中的牧瀨。岡部用手機(jī)短信將這件事告訴好友橋田至，這個(gè)舉動(dòng)，讓世界都顛覆了。實(shí)驗(yàn)室里那個(gè)所謂的“未來(lái)道具”，竟然真的可以左右世界的進(jìn)程，岡部自此成了孤獨(dú)的觀測(cè)者。這一切都是命運(yùn)石之門(mén)的選擇。