14 年前，初號(hào)機(jī)疑似神化第一形態(tài)的覺醒帶來近三沖擊，使世界發(fā)生前所未有的巨變。在此之后，葛城美里（三石琴乃 配音）等 NERV 舊部出走，成立了反抗 seele 和 NERV 的 Wille。Wille 授命明日香（宮村優(yōu)子 配音）和真里（坂本真綾 配音）奪回被封印在衛(wèi)星軌道上的初號(hào)機(jī)和碇真嗣（緒方惠美 配音），但絕對(duì)禁止真嗣登上初號(hào)機(jī)。感受到周遭的敵意，懵懂的真嗣跟隨綾波麗（林原惠美 配音）登上突然入侵的九號(hào)機(jī)，返回了千瘡百孔的 NERV 總部。在這里，他意外重逢朝思夜想的綾波，還從父親那里得知自己將和美少年渚薰（石田彰 配音）共同駕駛十三號(hào)機(jī)。