“東京決戰(zhàn)”一年后，布里塔尼亞少年魯路修在 11 區(qū)（原日本國）過著平凡的學生生活。但是，魯路修與弟弟羅洛的一次出行，遇到了黑色騎士團的余黨。在與少女 C.C 再次結成契約之后，塵封的記憶擺在了魯路修的面前。身為帝國王子的魯路修，為了建立人人平等的世界、讓妹妹娜娜麗幸福的世界，而使用 GEASS，令人絕對服從的力量，帶領黑色騎士團向帝國宣戰(zhàn)。帶上假面化名 ZERO 的他，卻在一年前的“東京決戰(zhàn)”中被好友朱雀擊敗，被帝國皇帝抹去了記憶。