《生化危機 3》的故事發(fā)生在《生化危機 2》前，前半部分主要講述了女主角吉爾在浣熊市調(diào)查安布雷拉公司地下業(yè)務(wù)的過程中遭遇生化兵器“追蹤者”的襲擊而感染了 T 病毒，于是她的同伴卡洛斯便到安布雷拉公司旗下的附屬醫(yī)院尋找解藥；在后半段的故事中，吉爾已經(jīng)恢復(fù)健康，她需要在有限的時間內(nèi)逃離即將被導(dǎo)彈炸毀的浣熊市，并與“追蹤者”展開最后的殊死對決。